ความเชื่อที่เพิ่งกล่าวถึงนี้เป็นสิ่งที่หยั่งรากฝังลึกลงไปในวัฒนธรรมและขนบธรรมเนียมประเพณีของคนเกือบทุกคนในสังคมนั้น รวมทั้งได้มีการสร้างข้อบังคับมิให้สมาชิกเชื่อถือแนวความคิดอื่นใดที่แตกต่างไปจากคำตอบที่มีอยู่ และมีการกำหนดบทลงโทษอย่างรุนแรงหากผู้ใดฝ่าฝืน หรือไม่ก็จะถูกเยาะเย้ยถากถางว่าเป็นคนนอกรีตนอกรอย ทำให้นักปราชญ์ในยุคกลางของยุโรปต้องหลบซ่อนแอบทำการศึกษาค้นคว้า อีกทั้งต้องซุกซ่อนผลงานการศึกษาวิจัยมิให้ผู้ใดล่วงรู้

          ยุคมืดได้เริ่มคลี่คลายไปในทางที่ดีขึ้นเมื่อศาสนจักรได้รับการท้าทายจากปรัชญาเมธีทางการเมืองที่พยายามผลักดันอำนาจของสันตปาปาที่กรุงโรมให้พ้นจากอำนาจทางการเมือง ในช่วงนี้เองที่มีการยอมให้นักวิทยาศาสตร์สามารถทำการค้นคว้าและนำผลงานการค้นคว้าเสนอต่อสาธารณชนได้อย่างเปิดเผย โดยจะเห็นได้ว่า นับตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 16 เป็นต้นมา นักวิทยาศาสตร์ผู้มีชื่อเสียงได้ผลิตงานออกมามากมาย อาทิ เช่น งานของ Nicolius Copernicus, William Harvey, Vesalius, Giordano Bruno และในศตวรรษต่อมา นักปราชญ์ชื่อเกลิเลโอก็ได้ให้ความสนใจและเสนอแนวความคิดทางด้านพันธุกรรม ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นทรรศนะที่มีอิทธิพลต่อนักคิดชาวตะวันตกรุ่นหลังมาก

          ในคริสต์ศักราชที่ 17 การแสวงหาความรู้ของนักวิชาการมีปรากฏมากมายและจำนวนหลายสาขา ทั้งที่เป็นนักชีววิทยา นักกายวิภาคศาสตร์ นักจิตวิทยา นักพฤกษศาสตร์ นักสัตวศาสตร์ และนักธรณีวิทยา ซึ่งต่างนำผลการค้นคว้าทดลองมาเสนอต่อสาธารณชน รวมทั้งมีการรวมกลุ่มทำการถกเถียงเกี่ยวกับแนวความคิดทฤษฎีการวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิต ทำให้เกิดแนวความคิดใหม่ขึ้นและท้าทายกับทรรศนะของนักวิชาการรุ่นก่อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งความเชื่อที่ย้ำถึงการธำรงคงอยู่กับที่ของสรรพสิ่ง (static perspective) หรือการมองโลกในแง่สถิตที่ไม่มีการเคลื่อนไหวและเปลี่ยนแปลงใด ๆ ของสิ่งที่มีชีวิต

           อย่างไรก็ตาม การมองโลกในแง่สถิตของสรรพสิ่งก็มิได้ถูกทำลายจนหมดสิ้นไป ยังคงมีผู้ให้ความเชื่อถือแนวความคิดนี้อยู่เป็นอันมาก ซึ่งในคริสต์ศวรรษที่ 18 นี้เองที่มีการนำมาใช้ในการจำแนกพืชและสัตว์ และทำให้เกิดเป็นความรู้ใหม่ก้าวหน้าต่อไปอีกขั้นหนึ่ง ตัวอย่างสำคัญที่สุดในการจัดจำแนกพืชและสัตว์ตามทรรศนะในแง่สถิตของสรรพสิ่ง ก็คือ หนังสือชื่อ Systema Naturae